調べたらこうあったよ

韓国語の規定によると、「자」と「쟈」は完全に同じ発音です。大昔は違う発音でしたが、現代韓国語では同じです。
結論は発音はどっちでも一緒です。表記は外来語表記規定によると「자」が正しいです。でも普通は「쟈」と表記します。「や」の発音が韓国語で「야」だからです。